Lo stato chimico dei corpi idrici di transizione è definito in relazione alla presenza di sostanze chimiche nelle matrici ambientali acqua, sedimento e biota. 
Le sostanze da monitorare nei corpi idrici di transizione per la valutazione dello stato chimico sono riportate nel DLgs 172/15 nella tabella 1/A per le matrici acqua e biota e nella tabella 2/A per la matrice sedimento.
La metodologia di classificazione valuta i superamenti degli Standard di Qualità Ambientale definiti delle concentrazioni medie annue (SQA-MA) e delle Concentrazioni Massime Ammissibili (CMA) per le sostanze dell'elenco di priorità (tabella 1/A Dlgs 172/15) e i superamenti delle sole concentrazioni medie annue (SQA-MA) per gli inquinanti ricercati nei sedimenti (tabella 2/A DLgs 172/15).

La classificazione dello stato chimico dei corpi idrici di transizione, sulla base del DLgs 172/15, permette di ottenere un quadro rappresentativo di tale stato per le acque di tutti i corpi idrici di transizione a livello di distretto idrografico, nazionale e comunitario.
Il confronto tra lo stato chimico e lo stato ecologico di un dato corpo idrico porta alla determinazione del suo stato di qualità ambientale, espressione complessiva della qualità di un corpo idrico superficiale.
Lo stato di qualità ambientale "buono" corrisponde all'obiettivo di qualità da raggiungere ai sensi del DLgs 152/06. Per raggiungere tale stato i corpi idrici devono risultare in stato "buono" sia sotto il profilo ecologico che chimico.