Lo stato chimico dei corpi idrici di transizione è definito in relazione alla presenza di sostanze chimiche nelle matrici ambientali acqua, sedimento e biota. 
Le sostanze da monitorare nei corpi idrici di transizione per la valutazione dello stato chimico sono riportate nel DLgs 172/15 nella tabella 1/A per le matrici acqua e biota e nella tabella 2/A per la matrice sedimento.
La metodologia di classificazione valuta i superamenti degli Standard di Qualità Ambientale definiti delle concentrazioni medie annue (SQA-MA) e delle Concentrazioni Massime Ammissibili (CMA) per le sostanze dell'elenco di priorità (tabella 1/A Dlgs 172/15) e i superamenti delle sole concentrazioni medie annue (SQA-MA) per gli inquinanti ricercati nei sedimenti (tabella 2/A DLgs 172/15).