L'indicatore fitoplancton contempla al suo interno organismi appartenenti a due diverse classi dimensionali: micro-fitoplancton (20-200 µm) e nano-fitoplancton (2-20 µm). La prima è composta principalmente da specie appartenenti alle classi delle Diatomee (Bacillariophyceae) e delle DInoflagellate (Dinophyceae); la seconda comprende il fitoplancton marino (in particolare fitoflagellati) appartenente alle classi delle Cloroficee, Euglenoficee, Criptoficee, Crisoficee, Rafidoficee, Prasinoficee, Primnesioficee che per convenzione viene racchiuso all'interno della voce "Altro fitoplancton".
La distribuzione stagionale e l’abbondanza relativa di questi tre gruppi forniscono importanti indicazioni circa lo stato degli ecosistemi marini, con particolare riferimento ai fenomeni di eutrofizzazione. Le Diatomee possono essere responsabili della colorazione delle acque al largo mentre le Dinoflagellate e l'Altro fitoplancton più frequentemente, possono provocare fenomeni di “acque colorate” sotto costa e in prossimità delle foci fluviali. L’abbondanza del numero di microalghe per litro d’acqua determina una alterazione della normale colorazione e trasparenza delle acque. La proliferazione abnorme delle microalghe è causata dalla presenza in acqua di elevate concentrazioni di nutrienti (in particolare di sali di fosforo e azoto) e del loro rapporto; tali elementi nutritivi sono in generale veicolati a mare da fiumi costieri.

Le analisi quantitative dei popolamenti di Diatomee, Dinoflagellate e Altro fitoplancton nelle acque marine consentono una stima della produttività primaria del sistema e in generale costituiscono un elemento basilare nella valutazione dello stato qualitativo, in quanto influiscono sulla trasparenza e sulla colorazione delle acque costiere. Ne consegue che la biomassa prodotta, una volta raggiunto il termine del ciclo vitale possa essere in stretta correlazione con il verificarsi di condizioni di ipossia e anossia delle acque di fondo; questi fenomeni si verificano generalmente nel periodo estivo/autunnale in concomitanza di scarso idrodinamismo. Le analisi quali-quantitative di Diatomee e Dinoflagellate forniscono un ulteriore contributo alla conoscenza dello stato dell’ecosistema marino costiero.