L'indicatore fitoplancton contempla al suo interno organismi appartenenti a due diverse classi dimensionali: micro-fitoplancton (20-200 µm) e nano-fitoplancton (2-20 µm). La prima è composta principalmente da specie appartenenti alle classi delle Diatomee (Bacillariophyceae) e delle DInoflagellate (Dinophyceae); la seconda comprende il fitoplancton marino (in particolare fitoflagellati) appartenente alle classi delle Cloroficee, Euglenoficee, Criptoficee, Crisoficee, Rafidoficee, Prasinoficee, Primnesioficee che per convenzione viene racchiuso all'interno della voce "Altro fitoplancton".
La distribuzione stagionale e l’abbondanza relativa di questi tre gruppi forniscono importanti indicazioni circa lo stato degli ecosistemi marini, con particolare riferimento ai fenomeni di eutrofizzazione. Le Diatomee possono essere responsabili della colorazione delle acque al largo mentre le Dinoflagellate e l'Altro fitoplancton più frequentemente, possono provocare fenomeni di “acque colorate” sotto costa e in prossimità delle foci fluviali. L’abbondanza del numero di microalghe per litro d’acqua determina una alterazione della normale colorazione e trasparenza delle acque. La proliferazione abnorme delle microalghe è causata dalla presenza in acqua di elevate concentrazioni di nutrienti (in particolare di sali di fosforo e azoto) e del loro rapporto; tali elementi nutritivi sono in generale veicolati a mare da fiumi costieri.