Le macrofite sono i vegetali macroscopicamente visibili e presenti negli ambienti acquatici. Sono composte da fanerogame acquatiche e macroalghe.
La composizione e la struttura delle macroalghe dipendono dal livello trofico delle acque e dalla sua alterazione dovuta a carichi organici; ciò determina la riduzione o la scomparsa dei taxa più esigenti a favore di quelli più tolleranti.
La determinazione qualitativa delle macroalghe consiste, per ogni punto di indagine e data di campionamento, nelle seguenti valutazioni:
- riconoscimento tassonomico;
- stima della copertura vegetale totale (CT%);
- stima dell'abbondanza relativa delle macroalghe dominanti a livello di genere. 
Ai fini della classificazione viene utilizzato l’indice MaQI (Ispra, Manuali e Linee Guida marzo 2012, Linee guida per l’applicazione del Macrophyte Quality Index; ottobre 2012, Macrophyte Quality Index - variazioni a seguito dei risultati dell'intercalibrazione nell'ecoregione mediterranea). 
I limiti di classe per il MaQI, di cui alla tab.4.1.1/a DM 260/10, sono riportati di seguito. 

Monitorare i cambiamenti di composizione delle comunità macroalgali nel tempo permette di valutare le variazioni dello stato ecologico dei corpi idrici interessati e le possibili fonti di stress trofico dovuto a inquinanti organici. Le comunità a macroalghe sono anche sensibili alla presenza di altri inquinanti, come pesticidi e metalli pesanti. La determinazione delle comunità macroalgali permette, quindi, di poter valutare una particolare situazione per il sito monitorato e le sue modificazioni nel tempo.