L’indicatore descrive la concentrazione di clorofilla “a” nelle acque superficiali e lungo la colonna d’acqua, consentendo una stima indiretta della biomassa fitoplanctonica, in quanto fornisce la misura del pigmento fotosintetico principale presente nelle microalghe. Esso rappresenta un efficace indicatore della produttività del sistema. Nello schema DPSIR è inserito tra gli Impatti, perché segnala una perturbazione della qualità dell’ambiente, con l'alterazione, a elevate concentrazioni, della naturale colorazione e trasparenza dell’acqua.

La concentrazione di clorofilla “a” è di fondamentale importanza per la valutazione delle caratteristiche trofiche di base del corpo idrico e dello stato degli ecosistemi; è, inoltre, un ottimo indicatore per la valutazione della produzione primaria e dei gradi di trofia dell’ecosistema. In base alla concentrazione della clorofilla “a” nelle acque, si mette in evidenza il livello di eutrofizzazione delle acque di transizione.
I dati di clorofilla “a” sono stati valutati anche ai fini del calcolo dell’indice MPI (Multimetric Phytoplankton Index), come meglio descritto al BOX - Applicazione Indice MPI, nella sezione dedicata all'indicatore di impatto Presenze microalgali.