La concentrazione di clorofilla “a” è di fondamentale importanza per la valutazione delle caratteristiche trofiche di base del corpo idrico e dello stato degli ecosistemi; è, inoltre, un ottimo indicatore per la valutazione della produzione primaria e dei gradi di trofia dell’ecosistema. In base alla concentrazione della clorofilla “a” nelle acque, si mette in evidenza il livello di eutrofizzazione delle acque di transizione.
I dati di clorofilla “a” sono stati valutati anche ai fini del calcolo dell’indice MPI (Multimetric Phytoplankton Index), come meglio descritto al BOX - Applicazione Indice MPI, nella sezione dedicata all'indicatore di impatto Presenze microalgali.