Il DLgs 152/06 definisce lo stato ecologico come l’espressione della qualità della struttura e del funzionamento degli ecosistemi acquatici associati alle acque superficiali. Lo stato ecologico può essere espresso da cinque classi di qualità (elevato, buono, sufficiente, scarso, cattivo), che rappresentano un progressivo allontanamento dalle condizioni di riferimento corrispondenti allo stato indisturbato.
La classificazione dello stato ecologico dei corpi idrici di transizione è effettuata in conformità a quanto previsto dal DM 260/10. Essa valuta i risultati dell'attività del monitoraggio operativo effettuato per i corpi idrici di transizione nell'arco di 3 anni.

Gli elementi di qualità che concorrono alla definizione dello stato ecologico sono:
- Elementi di Qualità Biologica (EQB) (fitoplancton, macroinvertebrati bentonici, macroalghe e fanerogame);
- Elementi chimico-fisici a sostegno degli EQB (azoto inorganico disciolto, fosforo reattivo, condizioni di ossigenazione valutate indirettamente tramite i parametri ferro labile e solfuri volatili disponibili), ad eccezione di quelli indicati come utili ai fini intepretativi;
- Elementi idromorfologici e fisico-chimici a sostegno degli EQB (regime di marea, condizioni morfologiche);
- Inquinanti specifici non appartenenti all’elenco di priorità a sostegno degli EQB (tab. 1/B DLgs 172/15).