Lo “stato ecologico” dei corsi d’acqua è espressione della qualità della struttura e del funzionamento degli ecosistemi acquatici associati ai corsi d'acqua e può essere espresso da cinque classi di qualità (elevato, buono, sufficiente, scarso, cattivo), che rappresentano un progressivo allontanamento dalle condizioni di riferimento corrispondenti allo stato indisturbato. 
Il sistema di classificazione per i corpi idrici fluviali, normato in Italia dal DM 260/2010 e aggiornato dal DLgs 172/15 in recepimento della Direttiva 2013/39/UE sulle sostanze pericolose nelle acque, prevede l’attribuzione di classi di “stato/potenziale ecologico” sulla base della valutazione di:

• elementi fisico-chimici e chimici a sostegno degli elementi biologici;
• elementi biologici (macroinvertebrati, macrofite, diatomee, fauna ittica);
• elementi idromorfologici, a sostegno degli elementi biologici.

Per i corpi idrici fortemente modificati (CIFM) e i corpi idrici artificiali (CIA) la classificazione è eseguita tramite la valutazione del Potenziale Ecologico ai sensi del DD n.341/STA del 2016.
In Emilia-Romagna il monitoraggio biologico è condotto nei corpi idrici naturali e in quelli fortemente modificati nei quali risultino applicabili i protocolli di campionamento e sia consentito l’accesso in sicurezza per gli operatori. 
La valutazione dello stato delle comunità biologiche è definita come grado di scostamento tra i valori osservati e quelli riferibili a situazioni prossime alla naturalità, definite condizioni di riferimento, espresso come Rapporto di Qualità Ecologica (RQE).
Gli elementi fisico-chimici e chimici a sostegno comprendono i parametri fisico-chimici di base e altre sostanze chimiche non prioritarie, la cui lista, con i relativi Standard di Qualità Ambientale (SQA), è definita a livello di singolo Stato membro sulla base della rilevanza per il proprio territorio (tab.1/B DLgs 172/15). 
L’integrazione tra le informazioni disponibili per la definizione finale dello stato ecologico avviene secondo lo schema allegato.
Tra le novità introdotte rispetto al quadro conoscitivo 2014-19, nella valutazione dello stato ecologico 2020-22 sono stati considerati anche i risultati dell’indice NISECI relativo alla fauna ittica.