Scopo dell’indicatore è valutare l’entità della pressione essercitata sull'ambiente dall’agricoltura, sulla base del riscontro di residui di fitofarmaci rilevati nei corpi idrici superficiali. I fitofarmaci appartengono sia all’elenco delle sostanze chimiche prioritarie, quali sostanze prioritarie/pericolose che contribuiscono alla classificazione dello Stato chimico, sia all’elenco delle sostanze chimiche non prioritarie, contribuendo quindi a supportare l’attribuzione della classe di Stato ecologico (DLgs 152/06).
Sulla base degli esiti del monitoraggio, dell’aggiornamento del reale rischio sugli ecosistemi acquatici, della dismissione di alcune sostanze o dell’immissione sul mercato dell’uso di nuove molecole, della redazione di Linee Guida (Consiglio del SNPA), la scelta delle sostanze attive da controllare viene periodicamente aggiornato  (almeno 1 volta nel ciclo del sessennio di monitoraggio). Nel 2021, il protocollo è stato aggiornato inserendo la ricerca di altre 16 sostanze attive, di cui 11 fungicide (Ametoctradin, Carbendazim, Fluazinam, Fluopyram, Fluxapiroxad, Isopyrazam, Metconazolo, Metrafenone, Penthiopyrad, Protioconazolo, Protioconazolo-Destio), 3 erbicide (Oxyluorfen, Diflufenican, Fluroxipyr) e 2 insetticide (Etofenprox e Spinosad), portando il numero di sostanze attive da analizzare a 112 (vedi tabella).
Nel 2023, la determinazione dell’erbicida Glifosate e del suo prodotto di degradazione, l’acido aminometilfosfonico (AMPA), complessa dal punto di vista analitico ed inserito nel monitoraggio dal 2018, è stata limitata a 65 stazioni, ritenute più significative in base all’analisi di pressioni ed impatti.