I prodotti fitosanitari (sostanze attive e i loro formulati), utilizzati in agricoltura per consentire elevati standard di qualità nelle produzioni agricole, rappresentano un fattore di pressione rilevante per la risorsa idrica. La presenza di residui nelle acque è correlata a processi di scorrimento superficiale, drenaggio laterale o percolazione dalle superfici agricole trattate. La maggior parte di queste sostanze è costituita da molecole di sintesi generalmente pericolose per tutti gli organismi viventi. In funzione delle caratteristiche molecolari, delle condizioni di utilizzo e di quelle del territorio, queste sostanze possono essere ritrovate nei diversi comparti dell’ambiente (aria, suolo, acqua, sedimenti) e nei prodotti agricoli, e possono costituire un rischio per l’uomo e per gli ecosistemi, con un impatto immediato e nel lungo termine.
La selezione dei corpi idrici su cui effettuare tali ricerche è basata sull’analisi delle pressioni, in particolare di origine agricola. L'elenco dei principi attivi ricercati comprende, a partire dal 2019, anche  Glifosato e Ampa .
Delle 271 stazioni di monitoraggio presenti nella programmazione 2023, il 56% dei punti (152) è stato sottoposto al controllo dei fitofarmaci (vedi tabella).
L’applicazione della Dir 2000/60/CE ha introdotto notevoli difficoltà sia analitiche, sia di campionamento; in particolare, per i fitofarmaci e altri microinquinanti, sono previsti Standard di Qualità con concentrazioni molto basse. I fitofarmaci comprendono sostanze attive afferenti all’elenco delle sostanze  prioritarie, che definiscono lo stato chimico, e sostanze attive pericolose, non prioritarie, a supporto dello stato ecologico (tab 1A e 1B DLgs 172/2015).
Nell’attività di monitoraggio 2023, le sostanze attive analizzate sono state in tutto 115 (con limiti di quantificazione – LOQ – pari a 0,01μg/l, 0,02 μg/l, 0,03 μg/l e 0,05 μg/l in funzione della sostanza esaminata); tra queste, le sostanze Glifosate, Ampa e Glufosinate sono state monitorate su 65 stazioni. I profili delle sostanze analizzate sono riportati nelle tabelle con la categoria fitoiatrica di appartenenza. L’indicatore rappresenta la percentuale di stazioni con superamenti dell’SQA, indicato dalla normativa, sul numero di stazioni monitorate per le ricerca di fitofarmaci nel 2023; è espresso in termini di concentrazione media annua sia per singola sostanza attiva, sia come sommatoria totale. La presenza media annua dei fitofarmaci non deve superare i valori di riferimento (Standard di Qualità-SQA-MA) definiti nella tabella 1/A (sostanze dell’elenco di priorità) e nella tabella 1/B (sostanze non appartenenti all’elenco di priorità) del DLgs 172/15 per singola sostanza attiva e per fitofamaci totali (il valore di 1 μg/l fatta eccezione per le risorse idriche destinate ad uso potabile per le quali si applica il valore di 0,5 μg/l). L’elaborazione della media per singola sostanza, è stata condotta come indicato in normativa; pertanto, se un risultato analitico risulta inferiore al limite di quantificazione viene utilizzato il 50% del valore del limite di quantificazione.