Lo “stato chimico” dei corsi d’acqua è definito in relazione alla presenza in essi di sostanze chimiche prioritarie (vedi Schema).
Per la valutazione dello stato chimico è stato predisposto a livello comunitario, un elenco di sostanze pericolose inquinanti, indicate come prioritarie, con i relativi Standard di Qualità Ambientale (SQA). Esso viene periodicamente aggiornato ai sensi della Direttiva quadro. Nel contesto nazionale le sostanze prioritarie da monitorare nei corpi idrici superficiali per la definizione dello stato chimico sono specificate nel DM 260/10, allegato 1, tabella 1/A, aggiornato dal DLgs 172/15. Nella metodologia di classificazione sono valutati, in particolare, i superamenti degli SQA definiti per le concentrazioni medie annue e per le concentrazioni massime ammissibili.