L’analisi della composizione quali-quantitativa del fitoplancton è svolta, con frequenza trimestrale, nelle stazioni della rete di monitoraggio delle acque di transizione. Si precisa tuttavia che, per motivi organizzativi, nel 2023 il campionamento autunnale delle stazioni VCOM2, VCOM3 e VCOM4 nel corpo idrico “Valli di Comacchio”, previsto per il mese di dicembre, è stato posticipato a gennaio 2024.
Il numero e l'ubicazione delle stazioni di indagine permettono di effettuare una valutazione sufficiente dell’ampiezza e dell’impatto generato dai blooms algali. La determinazione quali-quantitativa del fitoplancton consiste, per ogni punto di indagine, nelle seguenti valutazioni:
- numero cellule/litro e specie (abbondanza e composizione);
- biomassa totale del fitoplancton (mg/m³ di clorofilla “a”).
I corpi idrici aperti sono caratterizzati da una ricchezza specifica maggiore rispetto a quelli chiusi. Tale condizione è sicuramente influenzata anche dalla presenza di specie marine che, in corpi idrici non confinati, è favorita dall’ingresso in laguna di acqua di mare.
In figura 1 si riporta una rappresentazione grafica delle abbondanze totali e in figura 2 il numero di taxa per ogni campagna di monitoraggio.
In tabella 1 sono riportati i totali di taxa per campagna in ogni singola stazione.
Nel 2023 sono stati identificati 197 taxa appartenenti ai seguenti gruppi/classi: 78 Bacillariophyceae, 1 Chlorodendrophyceae, 15 Chlorophyceae, 2 Coccolithophyceae, 1 Coscinodiscophyceae, 3 Cryptophyceae, 15 Cyanophyceae, 2 Dictyochophyceae, 62 Dinophyceae, 1 Ebriophyceae, 4 Euglenophyceae, 1 Eustigmatophyceae, 1 Fragilariophyceae, 5 Pyramimonadophyceae, 1 Raphidophyceae, 5 Trebouxiophyceae, 2 taxa raggruppati sotto la dicitura “Altro Fitoplancton indet.”.
Considerando il numero di taxa rilevati nell’intero anno, VNUO1bis in Valle Nuova è la stazione che ne presenta il minor numero (53), mentre la stazione SGOR4bis nella Sacca di Goro ne presenta il numero maggiore (123).
Per valutare la biodiversità dell’elemento fitoplancton si è scelto di utilizzare l’indice di Margalef e l’indice di Shannon (figure 3 e 4). Il primo prende in considerazione il numero di taxa rispetto all’abbondanza totale della comunità, il secondo, invece, considera anche le abbondanze dei singoli taxa.
I valori più elevati dell’indice di Margalef sono stati sempre registrati nelle lagune aperte Sacca di Goro e Pialassa Baiona: in PBAI1 in autunno; nelle stazioni della Sacca di Goro in tutte le altre stagioni. Lo stesso andamento può essere osservato anche tramite i valori assunti dall'indice di Shannon, che è sempre più elevato nelle lagune aperte: in SGOR1 in autunno e in SGOR2bis in tutte le altre stagioni. Tra le lagune chiuse, i valori maggiori di entrambi gli indici si osservano generalmente in Valle Cantone e Valle Nuova.
Nel 2023, si conferma l'elevata eutrofizzazione delle Valli di Comacchio a carico di Nannochloropsis gaditana, specie che da anni caratterizza queste valli e che è presente durante tutto il periodo considerato.
Per tutte le stazioni della rete di monitoraggio delle acque di transizione campionate nel 2023 è stato calcolato l’indice MPI (vedi BOX - Applicazione dell'Indice MPI). 
In tabella 2 si riportano i valori dell'indice MPI e delle relative metriche. L’applicazione dell’indice MPI evidenzia, per il 2023, uno stato compreso tra “buono” e “cattivo”. Il giudizio è “buono” per Sacca di Goro, Valle Cantone e Pialassa Baiona, “sufficiente” per Valle Nuova, scarso per Lago delle Nazioni, "cattivo" per il corpo idrico Valli di Comacchio (tabella 2 e figura 5).