Lo studio delle comunità macrobentoniche dei fondali degli ambienti di transizione viene soprattutto applicato nelle indagini degli ambienti perturbati, soggetti a diversi tipi di inquinamento, o dei sistemi naturalmente soggetti a eventi anossici. Questo indicatore si è dimostrato essere un valido strumento per la descrizione sintetica dell’ecosistema degli ambienti di transizione; infatti gli organismi che ne fanno parte sono caratterizzati sia da scarsa mobilità che da cicli vitali sufficientemente lunghi, risultando quindi strettamente legati alle variazioni dei principali parametri ambientali. Inoltre gli organismi del macrozoobenthos, che vivono in stretta relazione con il substrato, giocano un ruolo fondamentale negli scambi tra sedimento e colonna d’acqua.
Per l'Elemento di Qualità Biologica (EQB) Macroinvertebrati bentonici, ai fini della classificazione dello stato ecologico, viene applicato l'indice M-AMBI e facoltativamente anche l'indice BITS.
L'M-AMBI è un indice multivariato, che deriva da una evoluzione dell'AMBI integrato con l'Indice di diversità di Shannon-Wiener e il numero di specie (S).
La modalità di calcolo dell'M-AMBI prevede l'elaborazione delle suddette 3 componenti con tecniche di analisi statistica multivariata.
Per il calcolo dell'indice è necessario l'utilizzo di un software gratuito (AZTI Marine Biotic Index-New Version AMBI 4.1) da applicarsi con l'ultimo aggiornamento già disponibile della lista delle specie. Il valore dell’M-AMBI varia tra 0 e 1 e corrisponde al Rapporto di Qualità Ecologica (RQE).

Nello schema seguente si riportano i limiti di classe in termini di RQE per l’M-AMBI di cui alla tab. 4.4.1/c del DM 260/10:

 e di seguito lo schema con i limiti di classe in termini di RQE per il BITS di cui alla tab. 4.4.1/e del DM 260/10: