Il fosforo è veicolato alle acque di transizione principalmente dai fiumi. Le sorgenti principali sono individuate nei comparti civile e industriale. Inoltre, per quanto riguarda il settore agricolo, il fosforo in eccesso rispetto alle quote di fertilizzante assimilate dalle piante, in determinate condizioni ambientali, può essere dilavato dai terreni agricoli e raggiungere i corsi d'acqua.
Il fosforo è un microelemento nutritivo disciolto nell’acqua, le cui principali componenti sono rappresentate dal fosforo-ortofosfato (P-PO₄) e dal fosforo totale (P-tot). Il fosforo-ortofosfato è la forma fosfatica più facilmente assimilabile da parte della componente floristica, in particolare dal fitoplancton. In presenza di intense fioriture algali, quando l’ortofosfato disponibile nella colonna d’acqua viene rapidamente consumato, è sicuramente ipotizzabile l’innesco di meccanismi di riciclo di questo nutriente (rapida mineralizzazione e successivo riutilizzo da parte della biomassa algale). Le concentrazioni di fosforo totale sono, invece, strettamente collegate alla presenza di particellato organico in sospensione nella colonna d’acqua, di origine sia detritica, e quindi direttamente correlato agli apporti fluviali, sia fitoplanctonica. Alla fine del suo ciclo, tale elemento può essere immobilizzato nei sedimenti attraverso la formazione di complessi insolubili (in particolare con il calcio e con il ferro ossidato). In caso di situazioni di anossia a livello dell’interfaccia acqua-sedimento, il fosforo può essere rilasciato e tornare in soluzione come ortofosfato biodisponibile.
Il DM 260/10 include il fosforo reattivo (P-PO₄) tra gli elementi di qualità fisico-chimica rilevati nella colonna d’acqua e stabilisce un limite di 15 µg/l per i corpi idrici con salinità >30 psu.